R untuk analisis eksperimen faktorial (for Dummies)

R adalah aplikasi opensource untuk pengolahan data statistik dan lain-lain, untuk informasi yang lebih jelas mengenai aplikasi ini silahkan kunjungi http://www.r-project.org. Kenapa harus menggunakan R? karena dengan menggunakan R publikasi ilmiah kita tidak dipusingkan dengan pengurusan izin lisensi aplikasi yang propietary. Kenapa saya menggunakan R? karena saya pengen aja (:P) , Analisis ini dilakukan di Blankon Linux 6 (Ombilin), sebelumnya untuk pengguna Blankon Linux karena paket R belum disertakan sertakan secara default maka bisa dilakukan Instalasi terlebih dahulu melalui
apt-get Install R
atau melalui synaptic search aplikasi r-cran

sedikit ketikan ini adalah pengingat bagi saya dalam penggunaan aplikasi R untuk pengolahan data yang diperoleh dari eksperimen pola faktorial. apa itu eksperimen pola faktorial silahkan bertanya pada google yang katanya “maha” tahu. contoh persoalan yang coba saya sajikan adalah eksperimen percobaan 2 x 3 dengan 3 ulangan,

No Bahan Hormon ulangan Trans
1 Pucuk H0 1 0.9911566
2 Pucuk H0 2 1.1071487
3 Pucuk H0 3 1.1071487
4 Pucuk H0.5 1 1.2490458
5 Pucuk H0.5 2 0.9911566
6 Pucuk H0.5 3 1.1071487
7 Pucuk H1 1 1.5707963
8 Pucuk H1 2 1.1071487
9 Pucuk H1 3 1.1071487
10 Pucuk H1.5 1 1.1071487
11 Pucuk H1.5 2 1.5707963
12 Pucuk H1.5 3 0.9911566
13 Batang H0 1 0.0000000
14 Batang H0 2 0.0000000
15 Batang H0 3 0.0000000
16 Batang H0.5 1 0.0000000
17 Batang H0.5 2 0.0000000
18 Batang H0.5 3 0.0000000
19 Batang H1 1 0.0000000
20 Batang H1 2 0.0000000
21 Batang H1 3 0.0000000
22 Batang H1.5 1 0.0000000
23 Batang H1.5 2 0.0000000
24 Batang H1.5 3 0.0000000

disini terdapat faktor bahan yang terdiri dari 2 level (Pucuk, Batang), Hormon yang terdiri dari 3 level (H0, H1, H2 H3), dan 3 Ulangan (“1″,”2″,”3”). disini kita akan melakukan analisis sidik ragam dan uji beda nilai terkecil (BNT). untuk uji BNT untuk mempermudah bisa kita gunakan pustaka “agricolae” (Stastical Procedures for Agricultural research). untuk pustaka ini bisa diunduh dari situs resminya

utuk memulai analisis, terlebih dahulu simpan data dengan nama data0.txt pada direktori ~/Desktop , kemudian jalankan aplikasi R dengan mengetik R pada shell / command prompt.

prakasax@Nebula:~$ R
R version 2.10.1 (2009-12-14)
Copyright (C) 2009 The R Foundation for Statistical Computing
ISBN 3-900051-07-0
R is free software and comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY.
You are welcome to redistribute it under certain conditions.
Type ‘license()’ or ‘licence()’ for distribution details.
Natural language support but running in an English locale
R is a collaborative project with many contributors.
Type ‘contributors()’ for more information and
‘citation()’ on how to cite R or R packages in publications.
Type ‘demo()’ for some demos, ‘help()’ for on-line help, or
‘help.start()’ for an HTML browser interface to help.
Type ‘q()’ to quit R.
>## Mulai
>read.table(“~/Desktop/data0.txt” header = T, sep=” “) -> data0 #load data
>library(agricolae)
>attach(data0)
>ulangan = factor(ulangan) #merubah variabel ulangan menjadi faktor
>aov(Trans ~ ulangan + Bahan * Hormon ) -> anova1 # menampilkan hasil sidik ragam
>summary(anova1)

Df Sum Sq Mean Sq F value Pr(>F)
ulangan 2 0.0251 0.0125 0.5033 0.6150
Bahan 1 8.1748 8.1748 328.2049 4.092e-11 ***
Hormon 3 0.0367 0.0122 0.4905 0.6945
Bahan:Hormon 3 0.0367 0.0122 0.4905 0.6945
Residuals 14 0.3487 0.0249

Signif. codes: 0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1

>LSD.test(anova1, “Bahan”, p.adj=”none” )
Study:
LSD t Test for Trans
Mean Square Error: 0.02490772

Bahan, means and individual ( 95 %) CI

Trans std.err replication LCL UCL
Batang 0.00000 0.0000000 12 0.000000 0.000000
Pucuk 1.16725 0.0581983 12 1.042427 1.292073
alpha: 0.05 ; Df Error: 14
Critical Value of t: 2.144787
Least Significant Difference 0.1381896
Means with the same letter are not significantly different.
Groups, Treatments and means
a Pucuk 1.16725
b Batang 0

Untuk melihat besarnya interaksi dalam eksperimen dapat digunakan perintah sebagai berikut

>jpeg(“~/Desktop/interaksi.jpeg”) #untuk mengekspor plot kedalam bentuk gambar
>interaction.plot (Bahan, Hormon, Trans) #membuat plot
>dev.off() #mengakhiri ekspor

Untuk mengekspor file hasil kedalam file text digunakan perintah

>sink(“~/Desktop/data0.txt”, append=true, split=true) #muali ekspor
>#perintah yang hasilnya mau di impor
>#misalnya perintah diatas
>sink() #akhiri ekspor

yang perlu diingat di R bersifat case-Sensitive artinya huruf besar dan huruf kecil harus diperhatikan.
Nah Sementara sampai disini dulu mudah – mudahan suatu saat ada niat untuk melanjutkan =D

CMIIW
_____
makasih buat
– Felipe de Mendiburu Team
untuk library agricolae 😀

Iklan

2 thoughts on “R untuk analisis eksperimen faktorial (for Dummies)

Tinggalkan Balasan

Isikan data di bawah atau klik salah satu ikon untuk log in:

Logo WordPress.com

You are commenting using your WordPress.com account. Logout / Ubah )

Gambar Twitter

You are commenting using your Twitter account. Logout / Ubah )

Foto Facebook

You are commenting using your Facebook account. Logout / Ubah )

Foto Google+

You are commenting using your Google+ account. Logout / Ubah )

Connecting to %s